Κατόπιν τακτικών ελέγχων που πραγματοποιήθηκαν στην Βεγορίτιδα σε συνεργασία με την Δασική Υπηρεσία Έδεσσας, διαπιστώθηκε η ύπαρξη διχτυών ψαρέματος εντός της λίμνης στον οικισμό Περαία.
Σοβαρό κίνδυνο μόλυνσης αντιμετωπίζει πλέον η λίμνη Βεγορίτιδα. Η αιτία βρίσκεται στο γεγονός ότι εδώ και περίπου ενάμιση χρόνο έσπασε ο κεντρικός αγωγός που μεταφέρει τα λήμματα, της Τοπικής Κοινότητας του Αγίου Παντελεήμονα του Δήμου Αμυνταίου στην Π.Ε. Φλώρινας, από το βιολογικό καθαρισμό προς τη λίμνη,